中金鹰和平发展基金会的组织机构包括理事会、监事会及秘书处。理事会是基金会的决策机构，依法行使章程规定的职权；监事会依照章程规定的程序检查基金会账务和会计资料，监督理事会遵守法律和章程的情况；秘书处是基金会的执行机构，负责理事会各项决策的落实以及基金会具体事务运作。秘书处下设行政法务部、投资财务部、宣传策划部、国际交流部4个部门。

为构建新型社会智库，基金会设置顾问委员会、专家委员会、投资委员会，对应发挥智库功能，定向邀请国内外行业专家担任各委员会成员。基金会还下设专业研究咨询机构——海南公共安全研究院。